به گزارش مرکز روابط عمومی و اطلاع رسانی بنیاد مستضعفان، عملکرد کلیه شرکت‌های تحت پوشش بنیاد مشمول مالیات می‌باشد و سالیانه بر اساس صورت‌های مالی که حسابرسی شده و گزارش آن‌ها هم در سایت بنیاد و شرکت‌های تحت پوشش منتشر می‌شود و مالیات عملکرد شرکت‌ها در چارچوب قانون و در موعد مقرر پرداخت می‌شود که در همین رابطه در فاصله بین سال‌های ۸۴ تا ۹۵ بالغ بر ۴۷۰۰۰ میلیارد ریال مالیات پرداخت شده است که این نشان دهنده توجه ویژه به انجام مسئولیت‌های قانونی توسط بنیاد می‌باشد.
بر اساس این گزارش در چند روز گذشته خبری درخصوص معافیت مالیات نهادها بر روی خروجی برخی رسانه ها قرار گرفت که بر اساس آن استنباط می‌شد بنیاد مستضعفان و شرکت های تحت پوشش آن از پرداخت مالیات معاف است؛ این در حالیست که کلیه فعالیت های اقتصادی بنیاد مستضعفان که توسط شرکت های تحت پوشش انجام می‌شود شامل هیچ نوع معافیت مالیاتی نمی شوند و مطابق قانون مالیات خود را به صورت مستمر پرداخت می کنند و این نهاد یکی از شفاف‌ترین عملکردهای مالیاتی را در کشور دارا می‌باشد. کما اینکه رئیس سازمان مالیاتی در حاشیه یازدهمین همایش سیاست های مالی و مالیاتی ایران اعلام کرد شرکت های وابسته به نهادهای انقلابی از مودیان خوش‌حساب مالیاتی به حساب می‌آیند.