طی حکمی از سوی رهبر کبیر انقلاب اسلامی در تاریخ ۱۳۵۹/۰۶/۲۶ مسئولیت سرپرستی بنیاد به نخست وزیر وقت جناب آقای شهید رجایی ابلاغ گردید.
بسم الله الرحمن الرحیم
«جناب آقای رجایی نخست وزیر ایده ا... تعالی
چون وضع بنیاد مستضعفین موجب نگرانی اینجانب است و مسایل آن پیچیده است، لازم است جنابعالی امور بنیاد را در دست گرفته و تحت نظر اشخاصی متدین، متعهد، کاردان، آن را به نفع مستضعفین اداره نمایید. اطلاعات لازم را مییتوانید از هیأتی که اینجانب معین نمودم به دست آورید. ان‌شاء الله تعالی موفق در خدمت به اسلام و مسلمین و خصوصا" مستضعفین باشید. »
والسلام علیکم روح ا... موسوی الخمینی
در مهر ۱۳۵۹ شهید رجایی برای نظام دادن به امور بنیاد جناب آقای محمود کریمی نوری را به سرپرستی بنیاد انتخاب نمودند.